Depende de la R4 que tengas, existen varias flashcard que están funcionando con el ultimo firmware de la 3DS, si pusieras el nombre especifico de tu R4 y la pagina web del team que la hizo quisas podamos ayudarte, si haces
[Tienes que estar registrado y conectado para ver este vínculo] te podras descargar el firmware original para la R4 Version 1.18, aunque por lo que me dices tu N3DS esta por la v2.2 o superior ¿verdad? de ser asi haz lo que ya te he dicho al principio y haber que surge.